Село Молчаново образовано в 1702 году беглыми казаками Молчановым, Лавровым, Сысоевым. В начале село так и называлось Лаврово, позже - Молчаново. Находясь на берегу реки Оби, с. Молчаново испытывает очень сильное влияние реки. За три столетия своего существования село сдвинулось с первоначального места на несколько километров - обская вода теснила его. В прошлом веке водой смыло деревянную церковь, выстроенную ей на смену каменную церковь в 1854 г. разобрали в связи с тем, что уже близко подступала река к церкви, и перенесли на место, где она стоит и сейчас, строили ее по 1959 год.
В 1930 г. церковь закрыли и опечатали, позже в ней был склад и клуб. В 1967 году церковь была реконструирована под АТС и пущена в эксплуатацию в канун 50 - летия советской власти. В 1999 году решением Правления ОАО "Томсктелеком", здание бывшей церкви, в котором находился Молчановский РТУ, по окончании строительства нового помещения для Молчановского РТУ было передано на баланс Томской епархии которое реставрируют в настоящее время.
Река смывала целые улицы, уничтожила, например, здание семилетней школы. Большой урон селу нанесло наводнение 1941 года: вода поднялась тогда до отметки 10,89 метров. Этот уровень не превзойден до наших дней. Часть приречных домов была, как бы подцеплена льдом и снесена к озеру Колмахтон. А огромные льдины, вынесенные рекой на берег, таяли почти пол-лета.
Население занималось охотой, рыбной ловлей. Наличие богатых пойменных лугов позволяло держать много скота. Производимое в Молчанове сливочное масло отправляли в Томск. Туда же шли обозы с рыбой ценных пород.
Село росло очень медленно. Население было неграмотное. Первая школа открылась в 1867 году, в 1967 году впервые в области образование отметило свой столетний юбилей. Библиотека появилась в 1910 году. Первым библиотекарем был врач Светлов.
Почта до 50-ых годов доставлялась в г. Томск и из г. Томска на лошадях, через две - три недели.
Радио появилось в с. Молчаново в начале 40-х годов. Первым радистом был Александр Оттович Сильвандер, радиоузел был у него на квартире.
Электрический свет в с. Молчаново появился в 1942 году. Первым монтером был будущий учитель Михаил Владимирович Харин.
До революции Молчаново было в основном сельскохозяйственным селом.
Весть об установлении советской власти дошла до с. Молчаново в 1918 году. И сразу начались выборы, но выборы встретились с большими трудностями. В этот период в селе Молчаново и окрестных сёлах свирепствовали колчаковцы. После разгрома колчаковцев начались вновь выборы.
Колхозы начали образовываться вначале 30-ых годов. В селе Молчаново был образован колхоз 8 марта 1930 года и поэтому он был назван "8 марта". Затем в 50-ые годы прошло объединение колхозов, а в августе 1960 года был образован совхоз "Молчановский" и с. Молчаново стало центральной усадьбой совхоза "Молчановский".
Но мирный труд молчановцев был нарушен фашисткой Германией. Из района ушло защищать Родину около 5 тысяч человек, из них многие не вернулись в родные края. В конце октября 1987 года был открыт мемориал в Парке Памяти в честь погибших земляков в годы Великой Отечественной войны, погибло более двух тысяч человек.
Большими темпами район стал развиваться после 1965 года, когда вновь стал самостоятельным.
Так, в 1967 году был сдан в эксплуатацию автовокзал.
В 1970 году в сентябре выдал свою первую продукцию кирпичный завод.
В 1974 году выдал свою продукцию завод СОМ. В этот же период и позже построены хлебозавод, столовая, универмаг, склады - райповские, построены многие магазины, взамен старых. Построен новый терапевтический корпус.
В апреле 1975 года состоялся митинг в селе Молчаново в честь пуска нефтеперекачивающей станции.
Особенно быстро растут новые жилые дома, причем в двух и трех этажном исполнении, с полным благоустройством.
Появляются целые новые микрорайоны: в районе телевышки, по улице Степная, в районе нефтяников.
Телевидение пришло в наше село в начале 70-ых годов, в настоящее время жители села смотрят телепередачи в цветном изображении по нескольким каналам.